直到1996年第二代普拉多發(fā)布，普拉多才被劃分為了一個(gè)獨(dú)立車型，自此“小弟”翅膀的硬了，離開老大開始了單飛的生涯。

普拉多J90車身變得更短，并且換裝了全新的雙叉臂獨(dú)立前懸掛，與海拉克斯共享此懸掛。同時(shí)將上一代的分時(shí)四驅(qū)升級為全時(shí)四驅(qū)系統(tǒng)。

第二代普拉多繼承了上一代的3RZ-FE直列四缸汽油發(fā)動(dòng)機(jī)，同時(shí)引入了一款新的代號為VZ-FE的3.4L V6發(fā)動(dòng)機(jī)，其采用鑄鐵缸體和鋁合金汽缸蓋，提供190馬力和298牛.米的動(dòng)力輸出。同時(shí)提供三款型號為3L，5L，1KZ的柴油機(jī)。

為了進(jìn)一步控制海外市場的成本，第二代普拉多曾于1999到2009年期間在哥倫比亞的SOFASA工廠組裝，主要組裝三門和五門版車型，針對南美銷售市場。SOFASA工廠同時(shí)也生產(chǎn)雷諾汽車。

第三代普拉多（J120）外觀由豐田在法國的設(shè)計(jì)工作室的設(shè)計(jì)師蘭斯斯科特于1997年設(shè)計(jì)。蘭斯斯科特現(xiàn)在是豐田ED2工作室的首席設(shè)計(jì)師。

五年后，普拉多J120上市。汽油發(fā)動(dòng)機(jī)包括一臺2.7升直列四缸發(fā)動(dòng)機(jī)以及4.0升V6發(fā)動(dòng)機(jī)，發(fā)動(dòng)機(jī)防盜系統(tǒng)也開始成為普拉多的標(biāo)配。此外，前懸架也進(jìn)行了重新調(diào)教，以便提供更高的穩(wěn)定性。普拉多也是從這代開始由一汽豐田引進(jìn)到國內(nèi)生產(chǎn)銷售。

2002年，普拉多J120的兄弟車型雷克薩斯GX470在北美市場上市，針對中大型豪華SUV市場，相比普拉多，GX470外觀更犀利，內(nèi)飾也更加豪華，主要用于對抗奔馳ML，寶馬X5和奧迪Q7這樣的德系強(qiáng)敵。

2002年，普拉多換裝了代號為2TR-FE 的2.7L直列四缸汽油發(fā)動(dòng)機(jī)，動(dòng)力輸出最大164馬力和245牛.米。相比于上一代使用的3RZ-FE提升了14馬力和5牛.米。

同時(shí)普拉多J120上還搭載了代號1GR-FE（4.0L V6）汽油發(fā)動(dòng)機(jī)可以輸出236馬力和361牛.米的動(dòng)力，相較于老款的5VZ-FE在動(dòng)力方面有了很大提升。更強(qiáng)的動(dòng)力可以提升市場競爭力。

第三代普拉多內(nèi)飾相比上一代有了很大變換，重新設(shè)計(jì)的中控布局視覺效果更對稱，同時(shí)中控和升窗按鍵周圍采用部分銀色金屬質(zhì)感裝飾條增添了幾分年輕的氣息，木紋面板的引入增加了車內(nèi)的豪華感，儀表盤也改為對稱布局設(shè)計(jì)。

第三代普拉多從2002年開始共生產(chǎn)了7年，并于2003年正式進(jìn)入中國市場，有興趣的朋友可以考慮后期推出的2006和2010款，根據(jù)車齡和車況的不同，這兩款普拉多在二手車市場的價(jià)格在27萬到38萬之間，如果能遇到車況好的還是很值得入手。